藏民原始的宇宙观将宇宙分为天界、人界和地界三部分。其中，掌管天界的是“拉”神，掌管人界的是“赞”神和“年”神，“鲁”神则掌管地界，每一界又衍生出更多的神灵。这些神灵所依附的自然物也是多种多样的，但是把山作为处所的神灵居多。藏族学者格勒认为，“山神之所以成为年神，是因为山是年神附着之地”，“年神的根基虽在空中和光明之处，但其主要活动场所在高山峡谷之中。”

人们在藏区各地随处都可以见到祭祀山神的五彩神箭台和烟雾缭绕的煨桑台。每逢宗教节日，藏族信众便会围山而转，经幡飘扬，桑烟袅袅，携带着刻有六字真言的牛头和石块来到神山面前，毕恭毕敬地放置在山崖上。藏民认为，一切自然现象都是神灵的安排，通过祭祀祈祷、叩头诵经与神灵沟通，得到神灵的庇佑和帮助。他们相信这些山神拥有权力，主宰着风雨雷电，其喜怒哀乐决定着人们的吉凶祸福，甚至狩猎而得的猎物都是山神赐予的。

神山崇拜在不同的历史阶段，呈现出不同的形式。

首先是从自然崇拜到神灵崇拜。对于大自然的种种现象，藏族先民无法正确认识，认为存在着拥有超自然力的神灵掌控着万物，于是把自然神话并通过崇拜神灵祈求帮助。大量苯教和藏传佛教典籍中，记载着天、地和山为最初的崇拜对象。随后出现了各种祭天、祭地和拜山的仪式。毋庸置疑，神山崇拜的最初形式就是自然崇拜。

《苯教知识宝典》中记载，因为最初的天神古拉格阔来到人间后住在冈底斯山中，人们才尊称冈底斯山为神山。青海省果洛州的阿尼玛卿神山祭文中写道，“威严雄伟的无量殿中，战神之王、所有神山之主，威力无边的玛卿本热，通过无着幻化来到这里。”可以看出，玛卿本热的到来，使原本没有神灵的山变成了拥有神灵的神山。例如，藏民认为，在藏区不能随意焚烧垃圾，因为这种行为会惹怒神灵，冰雹、干旱等灾害就会随之而来。在山神居住的地方不能随意破坏草木，如果需要砍树，必须马上用土把树桩埋上，否则将会受到山神的惩罚，砍树的人就会生病。随着历史的变迁，崇拜自然的历史阶段发生了变化，人们更加注重对神山中神灵的崇拜，不再是对山本身的崇拜。神灵崇拜最初是山神一体，到后期逐渐发生变化，出现了山神分离。

其次是从祖先崇拜到英雄崇拜。许多藏区的神山前面常常冠以“阿尼”一词。例如，青海省果洛州马沁县的阿尼玛卿山、甘肃省合作市的阿尼念卿山、四川省甘孜州的阿尼青波山等，“阿尼”在藏语中有爷爷、祖先的意思。阿尼神山的出现，说明藏族神山崇拜把人从自然中分离出来，山神的崇拜已经从之前的单一化趋于多元化，进而出现了英雄崇拜，把英雄看做是山中的神灵加以祟拜。位于嘉绒藏族文化中心的墨尔多山是藏区民族英雄的象征，把神山当作英雄来崇拜，表达了人们对英雄的尊敬和感激。